传统的浸种是在清水中进行，沼液浸种则是利用沼液中所含的生理活性物质、营养组分以及相对来说比较稳定的温度对种子进行播种前的处理。
温度适宜。秋后尤其是冬季或开春或沼气池水压间的液温比清水要稍高一些，在10℃～12℃，更适宜浸种需要，更利于促使种子萌芽，提高种子发芽率。
营养全面。比较清水而言，沼液富含营养，沼液中的养分如氮、磷、钾以及铜、铁、镁、锌等微量元素和各种氨基酸等，都以水溶状态存在，便于种子在浸泡过程中不断吸取，补充内耗，平衡种子内部各种功能及营养需要。
无菌环境。清水浸泡时，种子一般要做消毒，以防止种子带菌感染。药剂消毒，不仅对种子有损失，而且增加了生产所带来的成本。沼液通过厌氧消化后杀灭了病菌、虫卵，无害无毒，其中的氨离子还能杀灭种子携带的细菌，起到药物浸种的同等效果。
晒种。选好种子在浸种前晾晒1～2天，以提高种子的吸水性能，并杀灭部分病菌，保证种子质量。
清理沼气池。浸种前一定要先揭开沼气池出料间（水压间）的盖板，敞气2～3小时，再将液面上的浮渣捞出，才能入池浸泡种子。
种子包装。种子装入透水性较好的编织袋。袋子要大，每袋装15～20公斤，并要留出一定空间，扎紧袋口。新的肥料带、饲料编织袋，采用搓、拉、拍、打等方法，除掉蜡质、增大空隙、增加透水性，方能用于浸种使用。
浸种时间。将晒过的种子放入农用桶或盆中，用除浮渣装置抽取正常产气沼气池的沼液倒进桶，以淹过种子为宜，敞泡10～12小时。再装进口袋，放入沼气池出料间（水压间）的中层，连续浸泡48小时左右（良种浸泡时间适当短），取出滤干水分，清水冲洗之后，浇水即可进行催芽播种。
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