复混肥料具有养分含量高、副成分少、改进肥料的理化性状等优点，科学施用复混肥料应考虑以下几个方面的问题。
我国土地辽阔，作物种类非常之多，应根据不一样的地区的土壤供肥特点及各种作物对养分的需求特性，有明确的目的性地选用适宜品种。一般粮食作物宜选用氮、磷含量高的复混肥料；豆科作物宜选用磷、钾含量高的复混肥料；对以某些经济作物应选择与土壤、作物相适应的三元复混肥料。此外，土壤性质、天气特征情况等也是很重要的参考因素。例如南方水稻产区不宜选用硝酸磷肥系列的复混肥料；含枸溶性磷的更适合于酸性土壤上施用；对于盐碱地和对氯敏感作物，则不能选用含氯的复混肥料。
因轮作制度不同，在一个轮作周期中上下茬作物适用的复混肥品种也不一样。如在小麦?玉米轮作制中，小麦苗期正处于低温生长阶段，对缺磷很敏感，应选用高磷的复混肥品种；而夏玉米生产期因处于高温阶段，土壤释放的磷素相对较多，而且又能利用麦茬中施入磷肥的后效，因此，可选用低磷的复混肥品种。
①硝态型复混肥在稻田中氮素易流失，在丘陵茶区，较多的年降雨量也可导致硝态氮的流失。对于果树的幼苗及幼龄树，以铵态型复混肥的效果较好；在成龄和结果期以后，硝态型复混肥更加有助于果树的吸收和运转。
② 在水稻田中，施用含氯化钾的复混肥比施用含硫酸钾复混肥具有更高的增产趋势，因而稻田宜选用氯化钾的复混肥料。但某些作物对氯反应敏感，如烟草、葡萄、马铃薯等忌氯作物，应使用硫酸钾型复混肥料。根据以往的概念，在茶园施含氯的肥料易产生“氯害”，将茶树也列入忌氯作物。
复混肥料的配方虽然是针对作物对养分的需求、土壤供肥特点确定的，但很难全部符合实际需求，因此在施用复混肥料时，还应根据田间作物的生长情况用单质肥料调节营养元素的比例，使之最终适合作物营养的要求是非常必要的。
复混肥料有磷或磷钾成分，同时大都呈颗粒状，比粉状单元化肥溶解缓慢，因此，一般用作基肥，亦可用作种肥和追肥。
①基肥又称底肥，是整地、翻耕时施用的肥料。施用复混肥料，能够完全满足作物苗期对多种养分的需求，有利于壮苗，所以基肥充足是获得作物高产的基础。基肥的用量与作物种类、土壤性质等关系密切。
②种肥是指播种或移栽时施用的肥料。使用复混肥作种肥时，一般不宜随种下肥，同时也应避免肥料与幼苗的直接接触，在土壤中肥料颗粒应与种子或幼苗保持一定的距离。
③追肥是指在作物生长过程中加施的肥料。追肥施用的特点比较灵活，要根据作物生长的不同时期所反映出来的症状，选择正真适合肥料施用。
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